在口袋妖怪绿宝石游戏中，玩家扮演一名年轻的训练师，通过收集各种口袋妖怪并与其他训练师战斗来成为一名强大的冠军。在二周目中，玩家需要重新开始冒险，但会面临全新的挑战和剧情。

故事从玩家踏上新的冒险开始。在前往第一个道馆的途中，玩家会遇到一名神秘的男子，他会向玩家透露出一些关于口袋妖怪的秘密。他告诉玩家，口袋妖怪并不是只存在于这个世界上，还有其他世界也存在着不同的口袋妖怪种类。他还向玩家展示了一种新的口袋妖怪，这个口袋妖怪看起来非常可爱，但是却有着强大的力量。

玩家在接下来的旅程中会发现，这个神秘男子的话并不是无稽之谈。原来，有一群人试图通过各种手段控制口袋妖怪，并且他们已经成功地将一些口袋妖怪从其他世界带到了这个世界。这些人的计划是利用口袋妖怪的力量来支配整个世界。

玩家必须与这些人战斗，并阻止他们的阴谋。在战斗中，玩家将会遇到各种强大的口袋妖怪，有些口袋妖怪甚至来自其他世界。玩家需要不断提升自己的实力，并收集足够的口袋妖怪，才能在最终的决战中取得胜利。

在游戏的最后，玩家将会发现这个神秘男子其实是一名来自另一个世界的训练师。他的目的是为了阻止那些试图控制口袋妖怪的人，并将口袋妖怪带回自己的世界。最终，玩家和这名训练师一起，成功地阻止了那些人的计划，并将口袋妖怪安全地带回了各自的世界。

口袋妖怪绿宝石386二周目的剧情充满了惊险和刺激，玩家需要不断提升自己的实力，才能在最终的决战中取得胜利。同时，这个剧情也向玩家展示了口袋妖怪存在于多个世界中的可能性，让玩家更加深入地了解了这个神秘而有趣的世界。