CH3COOH和C2H4O2是两种有机酸，它们在分子结构上有所不同。CH3COOH是乙酸，化学式为CH3COOH，分子式为C2H4O2。C2H4O2也是乙酸，但是它是乙二酸，化学式为HOOC-CH2-COOH，分子式为C4H6O4。

首先，CH3COOH与C2H4O2的分子式不同，它们的分子量也不同，分别为60.05和118.09。此外，它们的分子结构也不同。CH3COOH的分子结构由一个甲基基团和一个羧基团组成，它是一种单一的有机酸。而C2H4O2的分子结构由两个羧基团和一个乙烷基团组成，它是一种二元有机酸。

其次，它们的性质也有所不同。CH3COOH是一种无色透明液体，有刺激性气味，能溶于水和大多数有机溶剂。它是一种弱酸，其酸性常数为1.74×10^-5。C2H4O2也是一种无色透明液体，但是它的气味比较轻，能溶于水和大多数有机溶剂。它是一种弱二元酸，其酸性常数为1.23×10^-4。

最后，它们的应用也不同。CH3COOH是一种重要的工业化学品，广泛应用于食品、医药、化学纤维、涂料和油漆等领域。它还是一种重要的有机合成原料。而C2H4O2主要用于制造聚乳酸、合成树脂和染料等领域。

综上所述，CH3COOH和C2H4O2是两种不同的有机酸，它们在分子结构、性质和应用上都有所不同。在实际应用中，我们需要根据具体的需求来选择合适的有机酸。