光合作用是植物和一些微生物利用阳光能合成有机物的过程，是生命能量的来源之一。光合作用大致可以分为两个阶段：光反应阶段和暗反应阶段。

光反应阶段发生在叶绿体的膜系中，需要光能的参与。当光能被吸收后，叶绿体内的叶绿素分子会释放出电子并传递给电子接受体，从而形成电子传递链。在这个过程中，光合色素系统II和I分别起到接收和传递电子的作用。电子在传递的过程中释放出能量，这些能量被用来驱动质子泵，将质子从基质侧泵到腔室侧形成了质子梯度，同时也产生了ATP。接下来，光合色素系统II中的水分子被光解成氧气和氢离子，这些氢离子随后被用来还原NADP+成为NADPH。

暗反应阶段发生在叶绿体基质中，不需要光的参与。在这个过程中，ATP和NADPH被用来将二氧化碳还原成为有机物，这个过程被称为碳同化。碳同化的过程包括三个步骤：固定、还原和再生。固定是指将二氧化碳与RuBP（核酮糖-1,5-二磷酸）结合成为6碳分子，这个过程由酶Rubisco催化。还原是指将6碳分子还原成为两个3碳分子，这个过程需要ATP和NADPH的参与。再生是指将3碳分子再生成为RuBP，这个过程需要ATP的参与。最终，有机物会被转化成为葡萄糖等可被生物利用的物质。

总的来说，光合作用的反应阶段和流程是一个复杂的过程，需要多种物质和酶的参与。它不仅为植物提供了能量和有机物，也为整个生态系统提供了重要的能源来源。