1999年，高中毕业证学号的编排是按照学校的规定进行的。每个学校都有自己的编排方式，但一般都是根据学生入学时间、班级、学科等因素来确定学号。

在有些学校中，学号的第一位代表入学年份，第二位代表班级，后面的数字则是按照学生的入学顺序递增。例如，1999年入学的一位高一学生，如果他所在的班级是3班，那么他的学号可能会是993001，其中99代表入学年份，3代表班级，001代表他在班级中的入学顺序。

不过，在一些规模较大的学校中，学号的编排可能会更加细致。比如，有些学校会根据学科进行编排，每个学科都有自己的学号段，以便于管理和查询。例如，文科生的学号可能以1开头，理科生的学号可能以2开头，艺术生的学号可能以3开头，等等。

当然，无论是哪种编排方式，学校都会为每个学生分配一个唯一的学号，以便于学生档案的管理和查询。在高中毕业后，学生可以通过自己的学号来查询自己的成绩和档案信息，也可以作为身份证明的一部分。

综上所述，高中毕业证学号的编排方式因学校而异，但都是为了方便学生管理和查询而设定的。学生们应该认真对待自己的学号，珍惜自己的学习机会，为自己的未来奠定坚实的基础。